2015/7/7追記: OSX 10.10 Yosemiteでも同様の手順で証明書を更新できます。
Serverのどこをいじれば証明書を更新できるかようやくわかったのでまとめておく。
こんなメールが来るようになったら証明書を更新しましょう。
Serverアプリを開いて証明書を更新したいサーバを選択
サイドバーからサーバ名を選択
設定タブを選択
「アップルプッシュ通知を入にする」というチェックボックスの右にある編集ボタンをクリック
出てきたモーダル内の更新ボタンをクリック
OKボタンを押して完了！
メールを見てもイマイチ何をしたらいいかわかりづらいので、メール内にヘルプページへのリンクとか入れてくれたらいいのに…
参考: NowBrowsing: OS X Server: Advanced Administration: Renew a push notification certificate -